イオン交換膜法製塩の工程は、ろ過装置、イオン交換膜電気透析装置、晶析装置、遠心分離機、乾燥機などが集合して構成される。取水海水は砂ろ過装置に送られ土砂成分や濁質物を除去後、電気透析装置に送られて塩分濃度20％程度まで濃縮される。得られたかん水は晶析装置に送られ、蒸発法により結晶化される。結晶化された塩は、遠心分離機により脱水されてそのままあるいは乾燥されて製品となる。
このようなイオン交換膜法製塩は実用化から40年を経過しており既にほぼ最適化されたと考えられている。しかし、海水総合研究所では海水を原料とした製塩法ではイオン交換膜法製塩が最も効率的であると考え、イオン交換膜法製塩の各工程をベースとした高速ろ過装置、次世代イオン交換膜、高効率晶析技術、金属材料選定マップ、海水総合利用プロセスの構築に取り組んでいる。